Um den Orden näher zu den Menschen zu bringen, auch abseits der Ballungsräume, regte Ordenskanzler Dr. Alexander Kragora im Jahr 2007 an, in Oberösterreich eine weitere Komturei zu gründen, die sich im Salzkammergut befinden sollte.

Nach zweijähriger Vorbereitungszeit stellte der Statthalter HR DDr. Karl Lengheimer Anfang 2009 bei der Ordensregierung in Rom den entsprechenden Antrag.

Am 21. November 2009, dem Fest "Maria von Jerusalem", konnte mit einer Festmesse und einem feierlichen Festakt im Stift Lambach die Gründung der Komturei Salzkammergut gefeiert werden. Zum Leitenden Komtur wurde Friedrich Gerstorfer, zum Geistlichen Leiter Prälat MMag. Maximilian Neulinger OSB, Abt des Stiftes Lambach, bestellt. Die Komturei Salzkammergut umfasste bei ihrer Gründung elf Ordensmitglieder.

Im Jahr 2013 wurde eine gemeinsame Pilgerfahrt ins Heilige Land unternommen und die Investitur in Mondsee ausgerichtet. 

Am 15. Jänner 2018 wurde die Komturei dem neuen Leitenden Komtur Dr. Helmut Mittendorfer übergeben. In Anwesenheit des Statthalters Dr. Andreas Leiner, des „Gründungsvaters“  und Ehrenkanzler des Ordens Dr. Alexander Kragora. Von Gästen benachbarter Komtureien wurde ein Gottesdienst abgehalten und die anschließende Feierstunde machte diesen Komtureiabend zu einem Zusammensein in Dankbarkeit für die wertvolle Arbeit des scheidenden Leitenden Komturs Fritz Gerstorfer.

Am 19. Jänner 2026 feierte die Komturei die Amtsübergabe des scheidenden Leitenden Komturs OB Helmut Mittendorfer an seinen Nachfolger OB Alois Hummer im Kapuzinerkloster Gmunden. Prior OB Abt Maximilian Neulinger OSB zelebrierte den Festgottesdienst mit Ordensgeschwistern in Anwesenheit des Statthalters Dr. Werner Johler.

Die Ordensfamilie aus dem Salzkammergut trifft sich derzeit einmal im Monat im Kapuzinerkloster in Gmunden. Die Komtureiabende beginnen mit der Heiligen Messe, an die sich ein Vortrag aus dem Themenbereich der Ziele und Anliegen des Ordens anschließt. Der Abend klingt bei einem kleinen Imbiss im gemütlichen Beisammensein aus.

Spirituelle Ordensveranstaltungen, Ausflüge und Treffen mit anderen Komtureien ergänzen das Programm zur Förderung der Gemeinschaft.